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　さてこれは診てみないとなんともというところなのですが、もしエンセファリトゾーンの症状が出ていないのであれば、投薬しないほうがよいと思います。
　 　エンセファリトゾーンに関しては、駆虫薬を飲んでも、数を減らすことはできても、０にすることはできないと思います。 　また、感染していても、症状を出さない子がほとんどで、何らかのストレスなどをきっかけに、数が増え、発症するということが多いようです。
　ですので、ある地域での研究では、その地域のうさぎさんのかなりの率で抗体を持っていた(けど、何の症状もない)、というものもあり、感染=発症とは限らないのです。
  　症状が出たときに３から４週間薬を使い、数を減らして、症状を軽減、あるいは見た目情感地を目指すというものであり、予防的に使っても、あまり意味はないと思います。
　そういう意味では、同居うさぎさんも抗体検査をすれば、おそらく陽性ではないかと思うのですが、要は症状が出なければ、気にする必要はないということになります。   　問題は、そのおしっこをトイレ以外でするようになった、というのがエンセファリトゾーン由来の症状なのかどうか、ということであり、これはさすがに診察してみないとわからないです。
　もし、これがエンセファリトゾーンの症状だとしたら、薬を使うべきなのですが、このメールの文面だけでは、判断は困難で、主治医の先生の見解によるかと思われます。